Mae Cytûn – Eglwysi Ynghyd yng Nghymru wedi’i sefydlu fel cwmni yn Lloegr a Chymru (Rhif Cwmni 05853982) ac wedi’i gofrestru fel elusen (Rhif Elusen 1117071). Mae’r corff yn cael ei oruchwylio gan Fwrdd o Ymddiriedolwyr sy’n gyfrifol yn gyfreithiol am osod cyfeiriad strategol, sicrhau bod yr elusen yn cyflawni ei hamcanion, ac am oruchwyliaeth briodol ar adnoddau. Mae’r Ymddiriedolwyr yn cyfarfod yn rheolaidd i gymeradwyo cyllidebau, monitro perfformiad a chynnal safonau llywodraethu.
Arweinir y gwaith o ddydd i ddydd gan Dr Cynan Llwyd, Ysgrifennydd Cyffredinol, sy’n atebol i Gadeirydd y Bwrdd ac sy’n sicrhau gweithredu penderfyniadau’r Ymddiriedolwyr.